La Chiesa aveva acquisito talmente tanto potere anche grazie alle Leggi imperiali che avevano dato modo ad essa di inserirsi nelle questioni di carattere amministrativo, chiamando i Vescovi ad opera di vigilanza e tutela. Benefici ne ebbe il vertice ecclesiastico, in testa il Papa, che coordinava i suoi sottoposti, soprattutto per le condizioni vantaggiose raggiunte da Roma e dai luoghi collegati ad essa. La protezione della Chiesa era largamente esercitata, come nel caso della vedova del tribuno Zemarco (vedi articolo Rubrica STORICAmente “Milizia militare ed intercessioni papali”) e le ricchezze accumulate divennero efficaci strumenti del potere suddetto. I suoi patrimoni, compresa la stessa Centocelle, erano dislocati in tutta Italia. Dagli atti di Papa Onorio I (625-638) risulta che sul nostro territorio vi era un fondo appartenente alla medesima:

Centocelle ebbe numerosi magistrati; tra questi, uno dei più famosi e prestigiosi fu il Conte Teofanio. Il ricordo del medesimo è conservato da Papa Gregorio (eletto 64° Pontefice il 3 settembre 590; decesso avvenuto il 12 marzo 604), che ne parla con entusiasmo e merito, in una sua omelia. Racconta che egli governò lodevolmente la città fino quasi alla morte, periodo di travaglio per la moglie che, cosparsa dal dolore per la vicina perdita dell’amato, temette che a causa della stagione avversa sarebbe stato difficile portarlo al sepolcro provvisorio con i giusti onori. A dare sollievo alla donna pensò lo stesso Teofanio che, quasi morente e appeso ad un alito di vita, la confortò dicendo che “quanto ella temeva non sarebbe avvenuto”.

A Centocelle era stanziata la guarnigione militare; un “numerus”: milizia stabilita in un luogo per garantirne la sicurezza e l’ordine pubblico. Essa prendeva il nome degli abitanti della località dove era stanziata, in questo caso si trattava del “numero centocellense”. A comando vi era un Tribuno; Ufficiale che nella gerarchia militare era subordinato al Duca, il quale risiedeva nelle città più importanti come la vicina Roma. In altre località minori, era il Tribuno stesso ad esercitare il comando della milizia. Numerose sono le epistole ed i carteggi, anche con i Pontefici, che attestano quanto detto. Le lettere sono indirizzate ai Vescovi, come Lorenzo di Centocelle

Una battaglia violenta si scagliò su Roma, fra il 545 ed il 546 e, a fronte di tale scompiglio, Cetego il capo del Senato romano si ritirò a Centocelle per trovare rifugio a causa di divergenze con i capitani bizantini. Nel 549 Totila il Re degli Ostrogoti riuscì ad entrare di notte a Roma, fino a conquistarla, grazie al tradimento di alcune guardie poste al controllo di Porta San Paolo. Egli intuì che molti potevano darsi alla fuga percorrendo la via Aurelia, quindi pensò bene di mettere delle milizie a sorveglianza di detta strada, impedendo così il passaggio dei fuggitivi. Gli Ostrogoti misero a ferro e fuoco la culla dell’Impero, saccheggiando e mietendo molte vittime, solo pochi riuscirono a raggiungere sani e salvi Centocelle. Tra questi vi giunse Diogene, posto da Belisario al comando di Roma, che non esitò a riprendere la resistenza al nemico. Totila impiegò le sue forze verso la città portuale,

Agli inizi del VI secolo, dopo gli anni ’30, il lungo periodo di pace vigente fu interrotto dalla guerra; che si presentò lunga e disastrosa. Gli Ostrogoti non governarono più la penisola italica come alleati dell’Impero, anzi si ribellarono a Giustiniano, il quale inviò contro di loro la sua furia bellica, protratta per un ventennio, che si concluse con la sottomissione dei ribelli (534-554). Centocelle non rimase indenne da questi scontri, a causa della sua vicinanza a Roma e della presenza di fortificazioni e del porto di importanza, oltre che commerciale, anche strategica. In questo periodo molti storici menzionano le imprese di Belisario, comandante dell’esercito imperiale, che da Napoli avanzò vittorioso verso Roma. Riuscì a conquistarla alla fine del 536.